Wenn man das System richtig installiert, können Fußbodenheizung und Stahlheizkörper relativ problemlos zusammen betrieben werden. Sollte die Anlage einmal mit Rostablagerungen verschmutzt sein, muss die Heizungsanlage gegebenenfalls gereinigt werden, um den Korrosionsschutz sicherzustellen. Ein Austausch der Heizkörper wäre nur dann notwendig, wenn die Vorlauftemperatur zu hoch ist.

Kunststoffrohre, welche in Fußbodenheizungen älteren Datums (> 15 Jahre) auch schon Verwendung fanden, sind nur mäßig sauerstoffdicht. Sofern noch ein zusätzlicher Heizkörperheizkreis mit betrieben wird, sollte eine Systemtrennung vorgenommen werden, damit das, mit Sauerstoff angereicherte, Heizungswasser nicht zu den Heizkörpern gelangt und dort Korrosion hervorruft (Rostbildung). Korrosion kann in einem solchen Fall auch in einem Niedertemperatur-Stahlkessel auftreten. Die Korrosionsprodukte (z. B. Rotschlamm) verteilen sich hierbei in der gesamten Anlage. Ein Entgegenwirken ist hier dann nur noch mit speziellen Schlammabscheidern möglich, damit der Heizwasser-Umlauf in der Anlage aufrechterhalten werden kann.

Ist die Fußbodenheizung erst 10 Jahre alt, wurden vermutlich schon „sauerstoffdichte“ Rohre eingesetzt, wodurch nur noch minimale Mengen an Sauerstoff in den Heizkreislauf diffundieren können. Sofern es sich bei den verwendeten Rohren bereits um die sauerstoffdichte Variante handelt (PE-Xc oder PE-Xa; Information des Herstellers; Datenblatt), ist der Austausch der Heizkörper nicht notwendig. Ein Austausch wäre nur dann sinnvoll, wenn sich durch eine damit vergrößerte Heizfläche gleichzeitig die benötigte Vorlauftemperatur weiter absenken ließe und damit die Betriebskosten reduziert werden könnten, wo sich aber zunächst auch die Frage der „Wirtschaftlichkeit“ stellt (Investition neuer Heizkörper zu Betriebskostenersparnis). Eine bestmögliche Angleichung der Systemtemperaturen der beiden Heizkreise (soweit dies möglich ist), sowie ein hydraulischer Abgleich sollten durchgeführt werden.